El SIS es el actual sistema con el que cuenta el Servicio, y por tanto, en éste se desarrollarán los módulos específicos para el registro de información y soporte de los flujos del programa de Diagnóstico Clínico Especializado. Se ha procurado que los equipos tengan siempre acceso a la información que registren.
Paralelamente, el Servicio se encuentra desarrollando un nuevo sistema de información, interoperable, moderno y que ponga a los niños, niñas, adolescentes y sus familias en el centro, tal y como lo establece el art. 31 de la Ley N° 21.302.